蛋白質是生命的承載者，同時又是組成最為復雜的化學物質之一。功能蛋白質研究是指以蛋白質在生命與健康中的生物學功能為導向和核心內容的科學研究。隨著組學概念和各種新技術的引入，功能蛋白質研究也從傳統(tǒng)的針對單一蛋白質的表征發(fā)展到全景式系統(tǒng)化的詮釋。本書為《功能蛋白質研究》第二版，在前一版的基礎上，對近些年蛋白質研究技術發(fā)展和研究重點的側重，有針對性的更新和補充相關內容。在介紹傳統(tǒng)蛋白質研究方法的基礎上對功能蛋白質研究的最新進展作一概述。全書分為11章，第1-4章主要介紹蛋白質的基本概念和功能特征及蛋白質組學，第5、6章介紹蛋白質的定位及修飾，第7、8章介紹蛋白質與蛋白質/核酸的相互作用，第9，10章介紹蛋白質的功能關聯(lián)分析和結構研究，第11章作為全書最終章以實例的方式介紹功能蛋白質研究在生物醫(yī)藥研究中的應用。
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1. 國家重點研發(fā)計劃項目"蛋白質修飾組的高維度鑒定及其功能網(wǎng)絡"，編號2017YFA0505100，項目負責人；
2. 973項目課題 "結腸癌及其相關巨噬細胞的分泌蛋白質組與腫瘤發(fā)展的相關性研究"，編號2011CB910701，課題負責人
目錄
第一章 緒論 1
第一節(jié) 功能蛋白質研究的歷史回顧 1
第二節(jié) 功能蛋白質研究的主要內容及方法 7
第三節(jié) 功能蛋白質研究的挑戰(zhàn)和展望 12
參考文獻 13
第二章 蛋白質組：蛋白質的檢測 15
第一節(jié) 蛋白質組學的技術類別 15
第二節(jié) 基于質譜的蛋白質鑒定 23
第三節(jié) 基于質譜的蛋白質組定量 32
第四節(jié) 人類蛋白質組計劃 46
第五節(jié) 蛋白質生物標志物 61
參考文獻 67
第三章 蛋白質的生成 77
第一節(jié) 翻譯過程中各組分的組學測定 77
第二節(jié) 蛋白質的翻譯中折疊 98
第三節(jié) 翻譯調控與細胞功能 111
第四節(jié) 新蛋白的發(fā)現(xiàn)與功能 126
第五節(jié) 翻譯異常與解救機制 133
參考文獻 145
第四章 蛋白質的質量控制 157
第一節(jié) 分子伴侶系統(tǒng) 159
第二節(jié) 蛋白質質量控制--內質網(wǎng) 165
第三節(jié) 蛋白質質量控制--線粒體 173
第四節(jié) 泛素與蛋白酶體 177
第五節(jié) 自噬-溶酶體途徑相關的蛋白質降解 185
第六節(jié) 蛋白質質量控制相關疾病及分子機制 187
第七節(jié) 靶向蛋白質質量控制的最新療法 190
參考文獻 193
第五章 細胞內蛋白質的定位研究 198
第一節(jié) 細胞內蛋白質的分選信號 198
第二節(jié) 內質網(wǎng)定位信號和蛋白質運輸 211
第三節(jié) 高爾基體定位蛋白的分選和逆向運輸 220
第四節(jié) 溶酶體相關的定位與功能 229
第五節(jié) 細胞外的蛋白質分選和運輸 240
第六節(jié) 蛋白質定位的研究方法 248
參考文獻 259
第六章 蛋白質的功能調節(jié) 278
第一節(jié) pH和水環(huán)境對蛋白質功能的調節(jié) 278
第二節(jié) 溫度對蛋白質功能的調節(jié) 283
第三節(jié) 蛋白質的翻譯后修飾 289
第四節(jié) 磷酸化修飾對蛋白質功能的調節(jié) 291
第五節(jié) �；揎棇Φ鞍踪|功能的調節(jié) 305
第六節(jié) 糖基化修飾對蛋白質功能的調節(jié) 308
第七節(jié) 泛素化修飾對蛋白質功能的調節(jié) 317
第八節(jié) 類泛素相關修飾物對蛋白質功能的調節(jié) 322
第九節(jié) 小泛素相關修飾物對蛋白質功能的調節(jié) 329
第十節(jié) 蛋白質前體激活 334
參考文獻 339
第七章 蛋白質相互作用研究 343
第一節(jié) 蛋白質相互作用的結構學基礎 343
第二節(jié) 酵母雙雜交技術 353
第三節(jié) 免疫共沉淀技術 361
第四節(jié) GST融合蛋白沉降技術 365
第五節(jié) 串聯(lián)親和純化 371
第六節(jié) 熒光共振能量轉移技術 379
第七節(jié) 交聯(lián)技術 387
第八節(jié) 預測蛋白質相互作用的生物信息學方法 397
第九節(jié) 蛋白質相互作用功能意義的研究策略 410
參考文獻 411
第八章 蛋白質與核酸的互作 420
第一節(jié) 核酸結合蛋白的功能與分類 420
第二節(jié) DNA結合蛋白的結構 422
第三節(jié) RNA識別的一般方式 427
第四節(jié) 序列特異性結合 430
第五節(jié) 蛋白質與核酸相互作用的研究技術 431
參考文獻 443
第九章 基因編輯技術及其在功能蛋白質研究中的應用 446
第一節(jié) 基因編輯技術概述及開發(fā)現(xiàn)狀 446
第二節(jié) 鋅指核酸酶 450
第三節(jié) 轉錄激活因子樣效應物核酸酶 455
第四節(jié) 成簇規(guī)律間隔短回文重復序列及其相關核酸酶 458
第五節(jié) 堿基編輯 470
第六節(jié) 基因編輯技術面臨的挑戰(zhàn)及發(fā)展 477
參考文獻 485
第十章 蛋白質功能的生物信息學分析 497
第一節(jié) 蛋白質功能預測 498
第二節(jié) 蛋白質功能注釋 523
第三節(jié) 蛋白質翻譯后修飾的鑒定 541
參考文獻 573
第十一章 蛋白質結構的研究方法 585
第一節(jié) 核磁共振譜 585
第二節(jié) X射線晶體衍射 607
第三節(jié) X射線吸收光譜 617
第四節(jié) 電子順磁共振譜 623
第五節(jié) 冷凍電子顯微鏡 629
第六節(jié) 圓二色光譜 637
第七節(jié) AlphaFold預測蛋白結構 647
第八節(jié) 分子對接和動力學模擬 664
參考文獻 679
第十二章 功能蛋白質研究技術在生物醫(yī)藥研究中的應用實例 691
第一節(jié) 全基因組規(guī)模篩選鑒定肺癌抑癌蛋白質 691
第二節(jié) 基于新型鄰近標記技術的卵巢癌突變TP53蛋白質相互作用組學研究 703
第三節(jié) 基于蛋白質組學的抗腫瘤藥物靶標發(fā)現(xiàn) 720
參考文獻 727
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