超級老夫子之六十一的故事圍繞著歷史悠久的萬象馬戲團(tuán)展開。這個馬戲團(tuán)的前身——萬象動物園，曾經(jīng)是老夫子童年時的樂園。動物園的園長擁有與動物溝通的神奇能力，使得動物們能夠說人話，與人類建立深厚的友誼。隨著城市的發(fā)展，動物園轉(zhuǎn)型為馬戲團(tuán)，但在老團(tuán)長去世后，馬戲團(tuán)一度停業(yè)。多年后，老團(tuán)長的兒子張涯繼承了父親的事業(yè)，重新開業(yè)馬戲團(tuán)，動物們自愿參與表演，為市民帶來歡樂。然而，馬戲團(tuán)面臨被征用土地的危機(jī)，經(jīng)過調(diào)查發(fā)現(xiàn)這只是一場誤會。為了不給城市發(fā)展帶來負(fù)擔(dān)，張涯決定將馬戲團(tuán)搬遷到地下，減少對城市空間的占用。在動物們和老夫子等人的共同努力下，馬戲團(tuán)開始了地下施工。施工過程中，大家克服了挖掘隧道、加固結(jié)構(gòu)、安裝照明等困難。就在地下馬戲團(tuán)即將完工時，最小的孔雀貝貝突然失蹤，為故事增添了懸念。