《馬大正邊疆文存》共為六卷，分別為《中國邊疆學(xué)構(gòu)筑論衡》《中國邊疆治理與歷史上民族關(guān)系研究》《新疆大歷史的觀察與思考·上》《新疆大歷史的觀察與思考·下》《新疆探察史研究》《邊疆序跋與評(píng)議匯選》。該文存為馬大正先生從事邊疆研究40余年學(xué)術(shù)成果的總匯，其中既包括他對(duì)于中國邊疆學(xué)這一學(xué)科理論框架、研究方法、知識(shí)體系的構(gòu)想，又有關(guān)于新疆歷史知識(shí)的普及。該套文存堅(jiān)定中化民族多元一體和統(tǒng)一多民族國家的立場，對(duì)于當(dāng)代中國邊疆穩(wěn)定、特別是新疆穩(wěn)定與發(fā)展戰(zhàn)略研究具有重要的借鑒意義。